Geradores de pulsos com interrupçoes

Microcontroladores
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Boa noite pessoal, gostaria muito da ajuda de vocês. Estou tentando desenvolver um codigo para gerar pulsos com duração de 10 ms, porém eles devem seguir uma sequencia conforme a figura abaixo.

pulsos

eu já utilizei algumas interrupçoes mas a sequencia tem que ser está pois depois vou utilizar um subtrator com AmpOp, para criar uma quadrada bifásica.
eu tentei o código abaixo:

#define F_CPU 16000000
#define set_bit(reg,bit) (reg |= (1<<bit))
#define reset_bit(reg,bit) (reg &= ~(1<<bit))

#include <avr/io.h>
#include <avr/interrupt.h>

int counter1;
int counter2;

ISR(TIMER0_OVF_vect)
{
counter1++; // counter é minha frequencia

if(counter1 == 49) // o que está em parenteses pode ser uma variavel para a Duração dos pulsos
{
    
	
	PORTB = 0x03;    //fase positiva canal 01 e 02
	PORTD = 0x00;     //fase negativa canal 01 e 02
	
	counter1 = 0x00;
}

}

ISR(TIMER1_OVF_vect)
{
counter2++;

if(counter2 ==60)
{
	PORTB = 0x00;    //fase positiva canal 01 e 02
	PORTD = 0x03;     //fase negativa canal 01 e 02
	
	counter2 = 0x00;
	
}

}

int main(void)
{
cli();

DDRB |= (1<<0);						//O PB0 será saída digital
DDRB |= (1<<1);						//O PB1 será saída digital

DDRD |= (1<<0);						//O PD0 será saída digital
DDRD |= (1<<1);						//O PD1 será saída digital



PORTB &= ~(1<<0);					//Inicia o PB0 em nível low
    PORTB &= ~(1<<1);			                //Inicia o PB1 em nível low

PORTD &= ~(1<<0);					//Inicia o PD0 em nível low
PORTD &= ~(1<<1);					//Inicia o PD1 em nível low



TCNT0 = 0X00;       
TCNT1 = 0X32;        


TCCR0B = 0X04;      
TCCR1B = 0X01;       

TIMSK0 =  0x01;    
TIMSK1 =  0X01;      

sei();								//Habilitar a interrupção global 


while (1) 
{
}

}

Outra dúvida, é possivel o timer 1 trabalhar com overflow e comparação ao mesmo tempo?